清瓜州水营统领是满州正红旗都统多弼，其父武尔吉乃是正红旗第二佐领的首任牛录章京，明崇祯朝大将赵率教便是其在遵化时一箭射杀的。
江上炮声响起后，多弼就知道明军定是在攻打北新洲炮台。北新洲上虽有四千守军，但多弼不知道明军竟然来了多少人马，万一北新洲炮台丢失，那么瓜州水营就暴露在明军炮火射程之下，弄得不好，瓜洲水营一条船也别想出港。局面真成那样，多弼不敢想象皇帝会如何处置自己，为此立即点了汉军和绿营，督促水营马上出港增援北新洲，无论如何也不能让明军占了这江上要点。
发现清军水营出港后，张煌言立即号令水师上下调头迎上，双方就在距离北新洲北侧江面不到两里处展开了激战。
北新州上，登岛的太平军第一镇两个旅在副将朱庆来的指挥下奋勇冲杀，数十人手持巨木，喊着号子冲开了炮台左侧的清军营地大门。太平军一拥而上，北新州的清军副将杨广孝率亲兵负隅顽抗，岛上的泥泞地上到处都是厮杀的人群。战至最后，杨广孝见援军突破不了明军水师，便弃军而走，藏匿在岛上一隐秘处，后被搜岛明军发现，押至北固山上向大帅报捷。
见到传说中的贼秀才后，杨广孝竟是“扑通”跪地请降，周士相却将手一挥，命亲卫将此人掷于山下摔死。随后颁令，此后清军不战而降者，用之；战而不敌而降者，概不纳。
张煌言指挥水师牢牢阻住多弼部，明军水师虽水手强于清军，但清军船只却多，双方打成了平手，死伤都很惨重。后多弼发现岛上清军已溃，明军已经使用岛上火炮轰击他的船队后，不得已只得下令后撤。
水师此仗，明军损失海船3艘，民船41艘，士兵1256人；清军损失大小战船57艘，士兵1640余人。北新岛上登陆的太平军第一镇阵亡780余人，清军伤亡1000余，余者尽降。
原计划夺取北新洲后，明军将继续攻击北岸的瓜州水营，以彻底拔除这颗毒瘤，使江北清军无法过江。但因水师损失过大，将士疲劳，张煌言便令撤军。北新州由第一镇两旅和郑军一部，计5800兵合守，副将朱庆来亲自坐镇
就在北新洲岛上和附近江面上明清双方厮杀之时，余新和魏大龙带着700多士兵乘30多条船只冲向了清军的木浮营。木浮营是捆绑巨木而成的浮坝，坝面以土填平，可容纳士兵五百人，火炮四十门，四角为尖顶，船只遇之立碎，满洲人称之为“木城”。
魏大龙先带人潜入水中，悄悄观察了木浮营的结构后回到船上。
余新不待魏大龙喘口气，就急切的问他：“如何？魏兄弟！”
“是绳索，比滚江龙的铁链容易多了！”
魏大龙呼了口气，搓了搓冰冻的双手。双手通红，脸上更是通红，却不是因为冻的，而是因为兴奋。
“那就干他们！”
余新亲领四艘沙船，对着木浮营直冲，清兵发现，立即开炮，四条船随即后退到射程之外，然后掉转船头，复又向前冲，清军再开炮，有一条船中炮，剩下三条船退回，掉转头再冲，清军不再上当，双方于是对峙。
午时，下游方向听不到炮响，余新估计张尚书和甘辉已完成任务，便命令所有船只一齐向前。清军见状，再次开炮，余新下令还击，几十条船火力全开，声势也很惊人。
“砰！砰！”数声，木浮营被击中，木片土石齐飞，清军却无惧意，这木城构造坚固，就是再轰上一天都无事。不想，一幕让清兵骇破胆的事情发生了，原本厚实无比的木城结构竟然开始解体，不断的随江水飘流。
“城散了，快逃！”
木浮营上的清兵赶紧放下小船向北岸撤去。原来余新引诱清军耗费炮弹的同时，魏大龙等人潜水割断了清军木浮营绳索。再用炮那么一轰，这木浮营自然解体。木城一旦解体，上面的清军再多，火炮再猛，也是无济于事的。