神盾局暗物质能量研究所。
这座研究所占地面积广阔，楼群林立，在研究所实验大楼周边还设有举行射电雷达进行宇宙观测，校准伽马射线强度。
此刻正是深夜，然而研究所建筑群却灯火通明，研究人员们正忙碌地打包设备，在特工和安全部队士兵的帮助下紧急撤离。
夜空之中，一架直升机从远方飞来，降落在研究所停机坪，飞机舱门开启，尼克弗瑞和另外一位高挑的美女特工跳下飞机。
科尔森在停机坪迎接他们二人。
美女特工名字叫希尔，是一位矫健刚毅的美丽女性，最近一段时间由罗局长通过细致的观察之后提拔上来的，给尼克弗瑞局长助理当助理。
神盾局总部收到暗物质能量研究所报告，研究中的宇宙立方产生了不稳定变化，发生了几次能量脉冲，脉冲强度不断增大，研究团队负责人沙维格博士认为很可能会发生爆炸。
罗局长听到这个消息，不禁喜形于色，连忙叫来尼克弗瑞命令他前去处置。
因为心情大好，罗局长在下命令的时候窃喜和幸灾乐祸的表情没收住，叫尼克弗瑞看到了，弗瑞局长助理现在心情很是有些小紧张，他总觉得局长大人要给他小鞋穿，这一次任务怕不是又要背黑锅倒大霉挨处分了吧？
最近尼克弗瑞也不是一事无成，他与娜塔莎特工配合之下，帮托尼解决了钯元素中毒的问题，托尼斯塔克靠着老爹留给他的资料和放在斯塔克集团办公室里的未来城市模型研发出了新元素反应炉，替换了原来的反应炉，进而重获新生，为了感谢尼克弗瑞的帮助，他以顾问的身份加入了神盾局。
钢铁侠2的剧情因为罗锋的介入而扭曲，斯塔克忙于修炼金钟罩铁布衫根本没去参加摩纳哥方程式赛车大赛，丧鞭没机会向他下手，也就没被汉默聘用研发新一代米军战斗机器人，还缩在老家苦熬日子。
不过罗局长对此事好像并不满意，一副尼克弗瑞坏了他大事的样子，加之尼克拒绝出家为僧在光头上点香疤，还威胁叛出师门，气得罗门主差点当场清理门户，两件事相加，最近尼克弗瑞很是不受罗局长待见，整天对他横眉竖目。
这位硬被罗局长塞到他身边当助理的美女特工希尔给尼克的感觉，她大概就是将来取代自己局长助理位置的人选了。
罗局长将她安排在自己身边，是为了学习如何做好局长助理工作。
压下心中的烦闷，尼克弗瑞带领希尔进了地下研究中心电梯，来到研发宇宙立方的实验室。
在这座地下实验室大厅之中，最中心处放置着一台大型仪器，宇宙立方就镶嵌在仪器上，沙维格博士试着用探针碰触宇宙立方，探针却被立方上逸散的能量烧毁。
见尼克进来，沙维格博士向他通报了宇宙立方最近的不稳定情况，尼克弗瑞以外行领导内行的标准官僚作风问出了一句：“为什么不把它的电源关了？”
“宇宙立方本身就是能源，关了它会自动开启。”沙维格博士无奈地解释道。
二人正聊着，宇宙立方忽然发出强烈波动，巨大的能量凭空产生，耀眼的光芒闪过，立方射出一道光柱，击中远处一片虚空，空间波动形成了虫洞，逸散的空间能量充盈在地下实验室大厅。